这是新加坡意想不到的结局，马来西亚第14届大选竟然发生政党轮替，而且是已退休15年的马哈迪重作冯妇，出任第七任首相。这个退休后又回朝的政治奇迹是历史上从未发生过的事；正如马哈迪是在位最久的首相（1981-2003），一共22年，没有任何一位首相可以打破他的纪录（出生于1925年，时年93岁）。
如果说李光耀是政治奇人，从一上位（1959年）后就不曾失败过，直到1990年才卸下总理职（在2015年逝世，终年92岁）；那么马哈迪也是另一位政治高手，竟可以在位22年，直到他心甘情愿退休为止。间中（1987年）只有一次东姑拉沙里企图在党选中推翻他，但不成功。这意味著马哈迪已吸取了1969年大选失败的教训后，已对未来挑战作出充足准备。
虽然马新关系时而闹僵，时而缓和，但自从马哈迪（1964年首次当选国会议员）进入李光耀的视线后，两人就成为一对冤家。
意见常截然相反
根据李光耀回忆录中这样说：“后来成为马来西亚首相的马哈迪（1981年）在1965年国会辩论时曾形容人民行动党‘亲华人’，有共产主义倾向，肯定反对马来人，也指责我们口头上承认国语，却在新加坡保留了多种语言制度。在警署里，华语是官方语言，记录是用中文的。在工业方面，人民行动党的政策是仅仅鼓励马来人当劳工，而不让他们有投资的便利。”
李光耀在隔天针对国家元首的施政方针作出修正时说，他对演词中没有将马来西亚朝向马来西亚人的马来西亚的方向前进而表示遗憾。
“我们知道，如果我们有耐心、立场坚定，这部宪法必定意味著马来西亚民族的实现。”
但是李光耀又补充说，马哈迪的发言在暗示这样的事情绝不可能发生。当时，李光耀指出了政治平等跟目的与提高马来人经济和社会地位的特权是有所不同的。他接受特权，但如果马来西亚其它民族跟马来人政治平等的权利被削夺，不必和苏卡诺（印尼总统）对抗，它就能摧毁我们。
与此同时李光耀依然坚持新加坡不退出马来西亚，尽管马新之间的矛盾与摩擦不断扩大。
针对与李光耀之间的“冷战”，马哈迪在其回忆录《医生当家》中也有这样的描述：“我经常与李光耀针锋相对，这可追溯至我们都还是马来西亚国会议员的时候。我们的意见常常截然相反。”
在1981年出任首相后，马哈迪有一段话这样说：“只有在新加坡，我受到非常不寻常的接待。身为一位政府首脑，我在总理办公室入口处只是获得礼仪人员接待，之后还必须在邻近的等候室等待，直到总理准备见我为止。”
“我等了约15分钟，感觉非常难受，这应该不是接待同等级外宾的恰当方式。我不知道这是否是他们接待所有政府首脑的例行程序，但我觉得如果新加坡认为这是恰当的礼节，那么以后接待新加坡总理时，大马也可以使用这种方式。”
“因此当李光耀以及他的继任者来到吉隆坡时，我也依样葫芦。至于其他国家政府的首脑，我总是在大门迎接他们，我们也会在国会大厦举行欢迎仪式，同时进行仪仗队的检阅。”
冀取代马华携手巫统
“我首次出访新加坡时，我记得当时并没有国宴，也没有任何正式的演说。与李光耀交谈是一件单方面的事。他的谈话风格，就如他身为马来西亚国会议员时的方式，常常训导听众何谓是非对错。但在我们的对话中，我发现他并不是了解所有东西，特别是在技术方面。我记得有一次他提到刚见识一种海水淡化的程序，但当时这种技术已经不新，早已普遍使用多年。”
从上述两人的回忆录中来看，他们之间存在的某些恩怨是不易化解的，但触及两国利害关系时，双方就不能偏激处理。
其实李光耀与马哈迪的接触始于新加坡加入马来西亚之后（1963年9月16日）。这一天东马的沙巴和砂拉越也加入其中，马来亚联合邦扩大成马来西亚联邦。原本加入马来西亚后新加坡执政的人民行动党的国会议员应当排在执政党一边（当年行动党占12席，社阵占3席）。
李光耀也曾询问东姑的方案，当时东姑说有一些坐在执政党这一边，另一些坐在反对党一边，没有肯定的答案。因为新加坡已表明它的立场是扮演“中立的角色”。
后来所有人民行动党议员都排在反对党一边，包括李光耀在内。原本李光耀是希望能代替马华公会与巫统合作，但东姑不答应，坚持即使马华只剩5名国会议员，还是会合在一起。
关系重返敦马掌权时
虽然如此，李光耀在回忆录中也相信再过三几年，人民行动党就会收拾马华，也能击败社阵。当李光耀进入马来西亚国会时，他面对的是一群巫统的元老，如赛惹花（年长的巫青团长，因为巫统并没有对团长设下年龄限制）、敦拉萨及敦依斯迈；但同时也面对在1964年当选国会议员的马哈迪敢与李光耀叫板。
不过在1965年8月9日，新加坡退出马来西亚后，李光耀与马哈迪的“交锋”暂时划上句号。到了1981年马哈迪拜相后他与李光耀的关系变成国与国之间的交往。
虽然两国未有冲突事件发生，但合作的关系又回到马哈迪当政的时代。例如马方要求检讨供新加坡的水费过低，而且是1927年订下的协约。即使在1962年有更新合约（但水费未有调整），而是要等到2061年才期满。
与此同时，马方又宣布暂停隆新高铁工程，既针对中国，也针对新加坡，主要是马方认为造价太高，效应相对少。
很显然的，新加坡虽在1826年与槟城及马六甲并成“海峡殖民地”，但经过百年的演变，1948年马来亚联合邦取代了被搁置的马来亚联邦（Malayan Union），此时新加坡已被割出马来亚，直到1963年新加坡才加入马来西亚。但不到两年光景，新加坡又脱离马来西亚成为独立国家。
经过50年的分割，两国人民的思维已有很大的变化，最明显是新加坡华人称自己为新加坡人，与中国政治关系几乎切割；但马来西亚华人则称华裔，而后才是马来西亚人，许多人也对“娘家论”表示认同。
