马智礼自2018年5月担任教育部长后，多次发表争议性言论及提出各种不切实际的建议，引起民众诟病。
马智礼的争议性言论包括：
●白鞋换黑鞋：
马智礼在2018年7月19日上任不久，就建议所有学生穿黑校鞋上学。掀起强烈反弹后，马智礼宣布黑校鞋政策暂援执行，白鞋换黑鞋的政策也使到马智礼被民众批评和嘲讽。
●酒店开放让学生学游泳
马智礼也曾促请私营机构，特别是有游泳池的酒店，开放泳池让学生学习游泳，以履行企业的社会责任。
●校园种咖啡树
马智礼曾建议，在校园种咖啡树，以便让学生了解本地最普遍的咖啡饮料是来自咖啡果。
●快餐店设“阅读角落”
2018年12月15日，马智礼提出，快餐店及油站应设立“阅读角落”，以塑造书香社会。
●捍卫保留大学预科班固打制的决定
2019年5月17日，马智礼在与学生对话会上，捍卫保留大学预科班固打制的决定，更表示若要废除该制度，首先要确保不谙土著也获得受聘机会。
●爪夷文争议
在华小和泰小推出的四年级国语介绍爪夷文单元课题上，马来社会和非马来社会陷入种族关系拉扯，马智礼被批评在整个决策中，以强硬姿态和避谈，导致董教总为首的华教社团非常不满和失望。
●免费早餐计划Ｕ转
教育部原本宣布，2020年起为所有小学生提供免费营养早餐，此计划却因为未做好准备，而在去年11月28日喊停。
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