1963年，美国总统肯尼迪（John Fitzgerald Kennedy）被暗杀以后，约翰逊总统（Lyndon Baines Johnson）接任，美国与印尼的外交关系因为总统人选的替换，发生了变化。
美国60年代前期对印尼外交政策的主轴，就是希望印尼不被赤化，成为东南亚共运的一员。肯尼迪对印尼关系高度重视，甚至为了维护印尼关系，不惜牺牲自己国内的政治资本。
印尼和马来西亚冲突时期，美国国会曾经多次要求肯尼总统检讨美国对印尼的经济援助。参众议员都不满何以美国冒著得罪东南亚最重要的西方盟国-英国，不但不在印马对抗问题上与英国同一阵线，反而还继续履行美国对印尼的经济援助。
不背负政治义务
约翰逊总统则不同，他讨厌印尼总统苏卡诺：“我曾说，如果你让恶棍到你家前面撒野，你逃开了，他一定会得寸进尺，第二天晚上把你赶出睡房。我们不应该让这家伙（苏卡诺）为所欲为。任何的援助都是示弱的表现”。他不会为印尼背负任何政治义务，责任。
在1964年的财政预算中，美国国务院削减了对印尼援助80%，只剩下1500万美元。然而约翰逊对这笔款项是否签发，一直不表态。1964年11月18日，美国国会通过修改对外援助法案，新法案注明总统需签署一项声明，阐明为何该援助是符合美国最大利益。这让原来就对印尼没有好感的约翰逊增添了厌恶。
作为接任的总统，约翰逊有义务要延续肯尼迪的对外政策。中央情报局(CIA)对印尼现况的研判显示，如果美国切断了对印尼的援助，也将切断了美国与印尼仅有的几个关联，也无助于缓解苏卡诺对抗马来西亚的举动，而且可能引发印尼接管美国企业的危机。
苏卡诺在1963年9月20日，宣布接管英国在印尼的所有企业，作为报复英国支持马来西亚联合邦的成立。
新任总统约翰逊一方面可不想为了印尼的援助项目与参众议院为敌，毕竟他才履新，位子还没坐稳。另一方面，不延续肯尼迪的政策又引起白宫肯尼迪幕僚的怨言，唯恐失去印尼，将使得美国陷入另一场战争。
当时越南的梦魇还在继续。美国官员曾对印马对抗的议题表示：“美国可不想再陷入另一场十年森林战争，为了支持马来西亚这样的国家，去对抗印尼这样的国家”。
增加印尼猜忌
但是继续拖延不对经济援助表态，也将增加印尼的猜忌，时任国务卿迪安·莱斯克（Dean Rusk）建议约翰逊派遣罗伯特肯尼迪（Robert Kennedy）出使东南亚，去向苏卡诺说清楚当前美国与印尼关系的严峻事实。
罗伯特肯尼迪是肯尼迪总统的胞弟，在肯尼迪总统时代，他是美国司法部长（Attorney General）。在美国政坛里，大家一般称呼他的昵称：波比（Bobby）。约翰逊不喜欢波比，决定打发波比去东南亚与苏卡诺斡旋。约翰逊委任波比为总统私人特使，于1964年1月17日-18日出使东京与苏卡诺会谈。
国务院在行前给波比两个任务：（一）促使印尼停火，并促成马来西亚、印尼与菲律宾三方会谈；（二）警告苏卡诺，继续印马对抗将损害美国与印尼的关系。美国国会以及大众的反对，将使得约翰逊无法履行对印尼的援助。
苏卡诺在飞往东京以前，先去了菲律宾以及柬埔寨，分别发表了“亚洲人自理亚洲事务”的言论，以为他与波比见面会谈制造会谈压力。与苏卡诺随行的外交部长苏班德里奥（Subandrio）在与美国驻印尼大使琼斯（Jones，Howard P）于1月19日晚上交谈表示他原来很担忧，因为苏卡诺被波比东南亚之行的报道激怒了。“早上会谈开始，苏卡诺情绪坏透了。他以为肯尼迪来威胁他。”
波比与苏卡诺两日的会谈，从后来解密的电报来看，参与者都给了很高的评价。国务卿莱斯克在回电给波比时，对第一天会谈的报告表示鼓舞。
苏班德里奥赞赏波比的应对成熟。琼斯大使在电报的总结还特别表示波比的应对“是开诚布公的，立场明确又不失友善，虽然言语偶有机锋，但却在恰当时候展现爱尔兰式的幽默”。
为了进一步解决印马冲突的纷争，在东京见过苏卡诺以后，罗伯特.肯尼迪决定前往马尼拉（1月19-20），然后吉隆坡（1月21-22），以及最后去雅加达（1月22-23）做进一步的斡旋工作。
