交通部表示，308大选后霹雳、槟城和吉打政权易手，致使执行条例有变，加上州政府征地程序繁琐、关于非法木屋赔款、土地局文件不完整及面对搬迁的法律问题。
这些超出交通部控制范围的事宜，延误了征地的期限。
地方政府审批成障碍
“政府是采取设计与兴建模式，因此征地只能在设计蓝图出炉后才能取得地方政府（州议会、工程部、水利灌溉局）批准。虽然征地计划已列得很仔细，但是地方政府的审批是最大的障碍。308大选后，吉打、槟城和霹雳州行政更替，也使到执行条例有变。”
交通部今日发表文告，指媒体及部落客对《2011年国家总稽查司报告》，关于怡保─巴东勿刹双轨铁道工程延期669天及超支36亿令吉的报导是断章取义。
交通部解释，针对建筑成本，除了工程价格外，还必须纳入征地、非法木屋赔偿、顾问费、贷款、贷款执行费、律师费、电源和通讯费等。
该部强调，有关成本还是在计划预算成本之内，没超过政府所批准的预算顶限。
“双轨计划成本是124亿8500万令吉，其他涉及成本包括征地（6亿9817万令吉），征用2977个地段。3764万令吉是政府履行社会责任赔偿给被要求搬迁的非法木屋居民。”
2亿5696万令吉是付给提供咨询予政府的顾问公司，2亿0348万令吉是国能驳接收费。
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