这笔额外开支包括征地开支（6亿9817万令吉）、非法木屋赔偿（3764万令吉）、顾问服务（2亿5696万令吉）、国能驳接收费（2亿348万令吉）、其他和法律收费（138万令吉）、逾期摊还计划处理费用（1005万令吉）以及支付给马来西亚发展银行贷款的利息（24亿令吉）。
报告指出，随著这项工程延期共669天，顾问公司于2011年2月23日向财政部提出上诉，要求增加5250万令吉的顾问费，但直至今年4月，财政部依然在研究顾问公司的这项要求。
直至2011年12月31日，财政部在第九及第十大马计划下，分别动用23亿9500万令吉和6亿5560万令吉的拨款，至于由大马发展银行所发出的67亿令吉贷款，则全面使用在分期付款上。
交通部在7年内必须大马发展银行共90亿9500万令吉，而为了执行这项逾期摊还计划，交通部必须承担24亿1100万令吉的额外开支，当中包括1005万令吉的处理费用以及106万令吉的财务顾问费。
总稽查署无法确定交通部在逾期摊还计划下，所支付给联昌投资银行有限公司以及马银行投资银行有限公司的106万令吉顾问收费，是否真正物有所值，因交通部当时并未向其他银行提出献议。
总稽查署认为，这项计划有按照合约的条件来付款，惟无法确定高达1005万令吉的分期付款处理费的合理性，因为这笔费用是由计划顾问、马来亚铁道有限公司以及交通部所决定。
政权改变延误征地
报告也指出，交通部在征用土地的处理上，也延误82至1227天。
根据交通部的回复，在第一及第二的征地阶段，交通部面对延误的问题，是因为308大选后，霹雳、槟城以及吉打州政权的改变所导致，至于其他阶段的征地延误问题，则是因为初步的征地计划只是构思，在实地观察后才发现不可行而必须改变计划。
总稽查司认为，部门必须在拟定计划阶段就注重于可能出现征地延误的问题，以避免导致计划展期的问题。
另一方面，根据总稽查署的实地考察，发现太平拉律山隧道、马来亚铁道有限公司的火车站、海上高架桥、陆上高架桥、铁轨枕板以及行人或摩哆天桥，出现不符合规格或低劣的建设。
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